创建于1959年，1980年迁至现馆址—崇明学宫，并于1987年对外开放。崇明学宫系明清时期的古建筑群，在修复了主体建筑后；1999年12月28日，崇明县博物馆新馆在此基础上建成开放。目前的基本陈列是《崇明岛史与古船陈列》和《崇明民俗陈列》。