2005年，上海检验检疫局成立加强进出口食品安全质量监管工作领导小组，研究制订了严把进出口食品质量安全关，建立食品质量安全监管的长效机制，切实加强“市场准入”监管，认真执行进出口食品有毒有害物质官方监控计划、动植物源性食品残留监控计划，推进进口食品动态监管，建立进出口食品企业的检验检疫诚信管理制度，加强对出口食品生产企业的服务与支持。还发挥自身优势，主动服务“三农”，为崇明的创汇农业服务，推进农产品出口，实现了崇明柑桔出口零的突破。
　　一是残留监控计划和有毒有害物质官方监控计划见成效。积极组织对进出境动植物源性食品有毒有害物质专项残留监控计划，并将其作为出口产品源头监管的重要举措，有效保障了上海口岸年均100多万吨进出境动植物源性食品的安全。近几年，上海检验检疫局在动植物源性食品氯霉素、硝基呋喃类代谢产物、孔雀石绿残留等检测能力上有了较为突出的进步；主持系统内蜂蜜中氯霉素、鳗鱼产品中孔雀石绿残留检测实验室比对试验；参加英国FAPAS实验室能力验证，都获得满意结果。2005年共检测样品580个，为今后有重点地加强检验监管积累了科学数据。
　　二是快速应对苏丹红事件。年初，国家质检总局下发关于加强对含有苏丹红食品检验监管的紧急通知后，上海检验检疫局及时启动食品管理预警措施，全面开展对进出口食品特别是来自欧盟食品的苏丹红项目检测。改进实验室检测方法，提高了样品测试结果的可靠性和灵敏度，在2批、2,600箱、4.85吨准备出口美国和加拿大的蒜辣味面样品中发现了苏丹红一号残留。
　　三是牵头制定孔雀石绿检测国家标准。上海检验检疫局牵头完成了《水产品中孔雀石绿和结晶紫残留量的测定》文本起草，并在9月初通过国家标准审定委员会专家组审定。评审组一致认为：该标准同时测定水产品中孔雀石绿及其代谢物隐色孔雀石绿、结晶紫及其代谢物隐色结晶紫，一次性测定母体和代谢物符合残留检测要求，所制订的两种方法快速、灵敏和准确，检测低限满足国内外法规的限量要求。同时该标准可满足水产品中孔雀石绿和结晶紫残留的筛选以及疑似样品的确证，有利于政府监管并指导企业自控，促进水产品卫生质量的提高，保护消费者身体健康，提高中国水产品的国际竞争力。2005年10月27日，上海口岸经上海检验检疫局检验检疫合格放行的175箱、3,500千克活鳗向日本出口并顺利通关。这是上海口岸活鳗在暂停出口日本３个月后得到正式恢复出口，也是上海检验检疫局积极采取措施，认真贯彻落实国家质检总局有关加强出口活鳗检验检疫工作的规定，采取“专项检测+严密监管”模式，检测孔雀石绿等违禁药物，通过各方共同努力取得的成效。此外，上海检验检疫局还对不合格进口韩国泡菜采取措施，妥善处理国产啤酒“甲醛风波”，积极应对“PVC”薄膜事件，加强了出口食品色素等食品添加剂的管理。