外高桥保税区的物流、仓储和港口功能进一步增强。2006年，保税区港口货物吞吐量达11344万吨，比上年增长6.6%；集装箱吞吐量1373万国际标准箱，增长7.9%，占上海港集装箱吞吐量的63.2%。全区物流企业营业收入1771亿元，增长21.4%。至年末，保税区已有2700多家企业与世界160个国家和地区发生贸易往来。