引起手足口病的病原主要有肠道病毒中的柯萨奇病毒A组16、4、5、7、9、10型，B组2、5、13型；埃可病毒和肠道病毒71型（EV71），其中以肠道病毒71型（EV71）及柯萨奇病毒A组l6型最为常见。
