部门预算，通俗地讲就是一个部门、一本预算。根据国际通行做法，部门预算是由政府各部门编制、财政部门审核、经政府同意后报议会审议通过的、全面反映部门所有收入和支出的预算。部门预算是市场经济国家普遍采用的预算编制制度，是财政预算管理的基本形式。目前，我国的部门预算改革还处于起步和逐步深化阶段。
　　按照中央的精神和要求，结合上海实际情况，2001年本市在完成预算单位清产核资和银行账户清理、做好部门下一年度预测和投资计划编制等配套工作的基础上，遵循循序渐进、分步推进的原则，正式启动部门预算改革。2001年上半年，选择市级教育、科技、劳动保障和农业等四个部门试编2001年部门预算，并在年度中期向市人大常委会作了汇报；下半年，扩大到了全部市级预算单位编制2002年部门预算。
　　2002年，本市继续推进部门预算工作，从8月份起启动2003年市级部门预算编制工作。采取的措施主要有：向所有市级单位印发部门预算改革的情况介绍，加大宣传力度；开展调查研究，解决公用经费定额标准过低问题；增加用于解决年度预算难以预计支出的待批（可调整）项目；规范预算追加程序；等等。通过这些措施的有效实施，进一步规范了预算编制，强化了预算约束，较好地确保了财政预算的统一性、权威性和严肃性。
　　2003年，本市将按照中央精神和市委、市政府统一部署，围绕构建社会主义市场经济公共财政体制框架，进一步深化部门预算改革，把公共财政的理念落实细化到部门预算编审和专项资金改革方案，建立预算单位基础资料数据库，理顺预算单位户管系列，完善部门预算编制软件，新增市技监局、环保局、药监局、体育局、统计局和公安局等六个部门预算报送人大审议。与之相配套，将全面实行各单位预算与预算外收支计划、政府采购计划同步编报、审批，进一步落实中央和本市有关预算外资金“收支两条线”管理的各项规定，逐步扩大国库集中支付制度的试行范围，严格预算执行，力争在部门预算改革方面取得新的更大的成效。